A análise de desempenho torna o meu site mais lento?

Não. A instrumentação só é ligada durante execuções reais do cron, por isso os carregamentos normais das páginas públicas e de administração não têm qualquer sobrecarga de análise. Durante o cron, cada tarefa acrescenta uma inserção e uma atualização — insignificante ao lado da própria tarefa.